牛粪发酵要做到无害化处理程度才可以放心使用，发酵过程中消灭了其中的病菌病毒，寄生虫，杂草种子，消除能量以免将来作肥料时烧根。
牛粪发酵腐熟处理的方法旧社会和现在不一样。
一、旧社会传统牛粪发酵方法
在旧社会时，牛粪发酵采用自然堆肥发酵，把牛粪堆成一堆，用泥封住表面，牛粪便中的有机物会在微生物的发酵过程中分解。
牛粪便自然腐熟需要多少时间，水分合适的情况需要三个月以上，水分不合适半年以上也不一定能腐熟好。牛粪腐熟是要有合适的水分、温度，要有前提条件的，牛粪腐熟时间长了会引起营养的挥发。
二、现在社会最新牛粪发酵方法
按要求将牛粪发酵剂、主料和辅料全部混合均匀，堆料高度1米，环境温度15℃以上。堆温升至60℃时开始翻倒，每天一次，如堆温超过65℃，再加次翻倒。牛粪腐熟的标志是堆温降低、物料疏松、无物料原臭味、稍有氨味、堆内产生白色菌丝，这时就可以直接使用了。
传统牛粪发酵（露天）达到腐熟的时间常需1～3个月，其周围恶臭难闻，蚊、蝇大量滋生，环境污染十分严重。
国内外的研究出用牛粪发酵剂快速发酵表明，向牛粪便中添加特定的微生物菌群，能有效促进有机物降解，加速牛粪便腐熟速度，同时有利于消除致臭物质，减轻对环境的污染。
牛粪发酵剂能够强烈分解蛋白质、纤维素、半纤维素、木质素等，并将嗜热、耐热细菌、真菌、酵母菌菌株及相关分解酶复合而成，其有效活菌数含量高，降解能力强，同时能够达到升温、除臭、消除病虫害、杂草种子和提高养分的效果。
在适宜的条件下，能迅速将堆料中的碳、氮、磷、钾、硫等分解矿化，形成简单有机物，从而进一步分解为作物可吸收的营养成分。
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