有机肥原料来源广泛，原料种类繁多，几乎所有的有机物都能提供各种营养物质，都是好的有机肥原料。
有机肥的常用原料可分为秸秆肥、粪便、沼肥、土壤杂肥、泥炭、饼肥、绿肥、海肥、腐植酸等九大类，每种可分为几个品种。
1、秸秆肥料：我国是世界上农业生产大国，许多农作物的总产量一直处于前列。随着科学技术的进步和物质投入的不断提高，各种作物的单产不断提高。因此，各种秸秆资源来源广泛，数量巨大。
它是一种取之不尽、取之不尽、用之不竭的宝贵农业资源，秸秆中的养分含量很高。秸秆主要包括稻草、麦秸、玉米秸秆、高粱秸秆、甘薯藤、大豆秸秆、油菜秸秆、花生秸秆、棉秆等。
2、粪便和尿液：粪便和尿液包括人的粪便和尿液、牲畜粪便和尿液、家禽粪便和尿液、其他动物粪便、粪便和尿液是所有动物的排泄物，含有丰富的有机物和作物所需的各种营养成分，属于优质全肥。
3、沼肥：根据发酵过程的发酵规模和发酵原料的不同，可分为农户沼肥、畜禽场沼肥、工业废渣沼肥、城市公厕、污水沼肥等，根据其形态和特点，可分为沼渣肥和渣肥。
4、土壤肥料：土壤肥料主要包括泥肥、肥土、灰肥、动物残渣、废肥等。
5、泥炭：泥炭是一种特殊的具有一定厚度的天然有机矿体，它是在古今地理、生物和气候条件的综合作用下，经过多年半分解植物的积累而形成的。
6、饼肥：饼肥主要包括大豆饼、花生饼、菜籽饼、棉籽饼等。
7、绿肥：绿肥种类繁多，种植和利用方法有很大差异，生产中经常使用不同的名称来区分栽培绿肥和野生绿肥、豆科绿肥和非豆科绿肥、水生绿肥、多年生绿肥、木本绿肥、冬季绿肥和夏季绿肥、特种绿肥和两种绿肥。
8、海洋肥料：海洋肥料是以海洋生物为主要成分的有机肥。海洋肥料分为植物海肥、动物海肥和矿物海肥。植物海肥主要包括海带、巨褐藻、绿藻和红藻。
动物海肥主要包括鱼、虾、蟹、贝类等海洋生物产品加工废弃物或不实用的海洋生物残余物，包括鱼头、鱼类内脏、鱼鳞、虾糠、蛤皮、牡蛎皮、海五星、海风、海葡萄、海乳、红海螺、鲱鱼等。
9、腐植酸：腐植酸不仅可用于单位肥料，还可形成以腐殖酸为主体的复混肥。根据腐殖酸的形成和来源，可分为原腐植酸、再生腐植酸和合成腐植酸。
正是由于原料的特殊性，使有机肥富含有机质、氨基酸、蛋白质等有机养分，同时也含有氮、磷、钾等无机养分，在我国农业发展过程中发挥着重要作用。
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