秸秆有机肥发酵方式主要有两种
1、普通堆肥法
①选择场地。选择距水源较近，运输方便的地方，堆肥体积大小视场地和材料多少而定。
把地面捶实，然后于底部铺上一层干细土，再在上面铺一层未切碎的作物秆作为通气床（厚约26厘米）。
②处理秸杆。在床上分层堆积秸杆等有机物材料，每层厚约20厘米，并逐层
浇入人粪尿（下少上多），为保证堆内通气，在堆料前按一定距离垂直插入木棍，使下面与地面接触，堆完后拔去木棍，余下的孔道作为通气孔。
③堆肥材料比例。秸杆、人畜粪尿和细土配比为3：2：5，配料时加入2—5%的钙镁磷肥混合堆沤，可减少磷素固定，使钙镁磷肥肥效明显提高。
④调节水分。一般以手握材料有液滴出为宜，在堆肥四周挖深30厘米、宽30厘米左右的沟，把土培于四周，防止粪液流失。
⑤泥巴封堆。用泥封堆3厘米左右，当堆体逐渐下陷，堆内温度慢慢下降时，进行翻堆，把边缘腐熟
不好的材料与内部的材料混合均匀，重新堆起，如发现材料有白色菌丝体出现，要适量加水，然后重新用泥封好，待达到半腐熟时压紧密封待用。
⑥堆肥腐熟的标志。完全腐熟时作物秸杆的颜色为黑褐色至深褐色，秸杆很软
或混成一团，植株残体不明显，用手抓握堆肥挤出汁液，滤出后无色有臭味。
2、添加秸秆发酵剂堆肥法
①选择场地。选择距水源较近，运输方便的地方，堆肥体积大小视场地和材料多少而定。
如果选择平地，要在四周垒出30厘米高的土埂，以防跑水。
秸秆发酵剂和尿素混合物的用量自下而上为4：4：2。堆宽一般要求为1.6—2米，堆高1.0—1.6米，长度以材料多少和场地大小而定，堆好后用泥（或薄膜）封严。20—25天即可腐烂使用，而且质量好，有效养分含量高。
③用料及配比。按1吨秸杆配1公斤秸秆发酵剂、再配施5公斤尿素（或200—300公斤腐熟的人粪尿），以满足微生物发酵所需的氮素，合理调整碳氮比。
④调节水分。堆制前将秸杆用浸透，干秸杆与水的比例一般为1：1.8,使秸杆的含水量达到60%—70%，一般以手握材料有液滴出为宜，这是堆肥成败的关键。
⑤泥巴封堆。用泥封堆3厘米左右，当堆体逐渐下陷，堆内温度慢慢下降时，进行翻堆，把边缘腐熟不好的材料与内部的材料
均匀混合，重新堆起，保持含水量，然后重新用泥封好，待到半腐熟时压紧密封待用。
⑥腐熟标志。完全腐熟时作物秸杆的颜色为黑褐色至深褐色，秸杆很软或
混成一团，植株残体不明显，用手抓握堆肥挤出汁液，滤出后无色有臭味。
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