为什么用秸秆作为肥料前要经过堆肥发酵呢？这是因为在自然条件下，由于我国人均占有耕地少，复种指数高，倒茬间隔时间短，加之秸秆碳氮比高，不易腐烂。另外北方的机械化秸秆还田常因翻压量过大，土壤水分不适，施氮肥不够，翻压质量不好等原因，出现妨碍耕作，影响出苗，烧苗，病虫害增加，杂草过多等现象，有的甚至造成减产。
因此秸秆直接还田目前只能用于少量秸秆的还田，更多的秸秆在施用前经过堆肥发酵是很有必要的，秸秆堆肥发酵过程中所产生的高温能直接杀死其中的病菌、害虫、虫卵、草籽等有害生物，将作物无法直接吸收粗纤维和蛋白质分解和转化成易吸收的有机养分，无害化解决秸秆带来的环境污染问题。
秸秆堆肥发酵的优点有：
(1)方法简便。干、鲜秸秆、杂草均可堆制。
(2)就地堆制，不需加土，省时省工省力，而且升温快，腐熟快，一般3天后堆内温度即可达到50～70℃，鲜秸秆14天，干秸秆18～20天即可腐熟，不受季节限制，全年均可堆制，且不需翻堆，一次成肥。
(3)在秸秆堆积、腐熟的过程中，产生的高温可杀死杀伤大部分病菌和害虫，减轻病原基数，降低虫口密度，还可以产生一些有益微生物，从而减轻作物病害的发生，如小麦的根腐病、纹枯病，西瓜重茬病、马铃薯晚疫病等。同时也减轻了虫害和草害的发生。还具有解决重茬、固氮、解磷钾、改善农作物品质等多种功效。
另外，根据实验资料报告，如果每亩做为基施施入250千克秸秆有机肥，其肥效相当于100千克碳酸氢铵、50千克过磷酸钙和20千克的硫酸钾，而且还具有良好的生态效益，可减少化肥用量的40%～50%，降低土壤和农作物中硝酸盐、亚硝酸盐的积累。该项技术的成功应用不仅解决了作物秸秆有效利用上的难题，而且解决了长期使用化肥所引起的日益严重的农产品污染问题，很适合在农村大范围推广。
另外，根据实验资料报告，如果每亩做为基施施入250千克秸秆有机肥，其肥效相当于100千克碳酸氢铵、50千克过磷酸钙和20千克的硫酸钾，而且还具有良好的生态效益，可减少化肥用量的40%～50%，降低土壤和农作物中硝酸盐、亚硝酸盐的积累。该项技术的成功应用不仅解决了作物秸秆有效利用上的难题，而且解决了长期使用化肥所引起的日益严重的农产品污染问题，很适合在农村大范围推广。
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